蜂蜜是蜜蜂将花蜜混合上唾液酿制而成，因此蜂蜜中含有其唾液腺、蜜腺分泌的某些酶，有抗菌作用的主要是溶菌酶以及葡萄糖氧化酶等。
溶菌酶：默林和梅斯纳(1968)经研究证实，在蜂蜜里存在溶菌液，溶菌液是一种低分子蛋白质。具有溶解某些细菌多糖细菌壁的能力，溶菌酸在酸性环境中耐热，具有溶解某些细菌多糖细菌壁的能力及不需要溶解直接杀死其他细菌的能力。
通常蜂蜜中溶菌酶的水平为5~10毫克/ 毫升，偶尔可达到35~100毫克/ 毫升(以等值的蛋白溶菌酶表示的浓度)。溶菌酶是蜂蜜的非特异性免疫因素，是一种碱性低分子蛋白质，主要作用于革兰氏阳性菌，使其细胞壁的主要成分———肽聚糖中的b-1.4糖苷链断裂，造成细胞壁破裂，引起细菌死亡。
葡萄糖氧化酶：蜂蜜中的葡萄糖氧化酶(蜜蜂的咽腺中都含有葡萄糖氧化酶，在酿蜜过程中将其混入蜜中)可将蜂蜜中的葡萄糖氧化为葡萄糖酸和过氧化氢(过氧化氢水溶液，在医学上常称为双氧水，具有很强的杀菌力)，过氧化氢分解产生的活性氧是杀死细菌及真菌的重要成分。
研究表明，过氧化氢不稳定，分解时产生氧化性很强的游离基[O]，使细菌细胞中酶蛋白上的硫基(-SH)氧化失去活性，表现出杀菌效果。
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